新加坡移民改组的直接原因是由教育问题引起的。陈嘉庚热心于教育有目共睹，截止1927年，闽帮帮立学校已有道南(1907)、爱同(1912) .崇福(1915)三所。其他由福建人开办的学校尚有30余间。这些学校大多面临资金短缺问题。陈嘉庚估计，仅天福宫香油收入每年至少有万元之巨，可用于慈善与教育用途。为此，陈嘉庚于1927年年中连续两次在《南洋商报》呼吁召开闽侨大会，商讨闽属学校由福建会馆统筹统办的问题。在第二次大会中，会议进而提出福建会馆的改组问题，并选举产生由12名委员组成的“改组福建会馆董事兼教育委员会”作为领导机构，由陈嘉庚负责。福建会馆的改组由此拉开序幕。
    从1927年7月至1929年2月，是福建会馆的改组时期。改组期间，委员会首先制定了闽帮学校由福建会馆统筹统办的具体措施，继而发动属下会馆招募会员和筹集基金，规定:“凡居叻之福建人士，有正当职位且乐于缴交五元或以上者，皆可申请为会馆之永久会员。为了广泛动员，陈嘉庚多次召集有众多闽帮知名人士参加的会议，广泛征求意见，商讨改组的具体事宜和选举办法。在强大的压力下，薛中华等人虽极力阻挠却无济于事。
    经过会员7天的投票，1929年2月12日闽帮召开会员大会，当众开票。在开出的283张选票中共选出委员50名，其中正式委员40名、候补委员10名，陈嘉庚以270票高票当选为会馆主席。改组后的福建会馆实行执监委员会制。首届执监委员会构成如下:执行委员会35人、监察委员会5人，主席分别由陈嘉庚、李振殿担任。执行委员会下设五科，分别为总务科8人、教育科7人、经济科5人、建设科5人和福利科5人，各科设主席1人。原会馆主席薛中华不在当选委员之列，增补为候补监察委员后，方移交夭福宫产业及结存现金约4万余元，福建会馆基金15, 600元。至此，历时一年半的福建会馆改组运动圆满结束。此后，福建会馆又因应形势的需要，设立了周报委员会、演讲团委员会、剧务委员会、产业信托委员会等特别委员会，强化了会馆的宣传、组织及经济职能。

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